从17世纪开始，锡克教徒与莫卧儿王朝的矛盾逐渐尖锐起来。17世纪后半期，是锡克教发展的关键时期，第10代祖师哥宾德·辛格对锡克教进行一系列改革，清洗了主张与莫卧儿王朝妥协的商人和高利贷者。1699年，他宣布锡克教完全脱离印度教，成立独立的军事组织“卡尔沙”；废除祖师制；成立锡克教最高权力机构──代表大会，把祖师手中的政教权力移交给锡克教公社。他将锡克教军队领导权交班达·辛格·巴哈杜尔。班达·辛格领导的旁遮普锡克教徒进行了多次反抗印度教封建主和莫卧儿王朝的斗争，建立了第一锡克国家（1708～1715）。1761年第3次帕尼巴特战役后，锡克人消灭了侵入旁遮普的阿富汗军。1765年，锡克教军事领袖会议宣布旁遮普独立，建立了第二锡克国家（1765～1779），并将锡克教徒组成由酋长领导的12个“米斯尔”（即战士社团）。锡克教组织逐渐发展为神权联盟的封建组织，成为旁遮地区的实际统治者。