1899年1月19日，英国和埃及在开罗签订了《英埃共管苏丹协定》，规定在北纬22度以南的地区,成立英埃共管政府，埃及在名义上是一个共管者，但实际上共管只是英国在苏丹建立殖民统治的一个形式而巳。 成立“英埃苏丹”后，英国殖民者对苏丹采取了残暴的政治压迫和经济掠夺。根据1899年1月《英埃共管苏丹协定》的规定，在苏丹首都喀土穆设立了总督府，将“苏丹最高军事与民政统治权将交给一位称为苏丹总督的官员，此官员由赫迪夫根据英国女王陛下政府之推荐下令任命，赫迪夫（埃及最高统治者的称号，国君之意。后改称素丹）须经英国女王陛下政府同意始得下令撤换；总督拥有颁布和废除法令的权力；总督为妥善治理苏丹，依法管理国内各地军事民政，握有生杀予夺的大权”。 苏丹沦为英埃共管的殖民地，埃及不仅负担了征服苏丹战争费用的三分之二，而且长期负担管理苏丹的绝大部分行政费用，苏丹则成为英国的棉花供应地和工业品市场。英国统治苏丹严重危害了苏丹的民族利益，也加重了埃及人民的负担。由于英国和埃及的矛盾斗争，1924年英国单方面废除了与埃及的“共管”协议，但1936年英国又重新恢复了两国对苏丹的“共管”。 为了达到长期控制苏丹的目的，英国殖民者施行分而治之的伎俩，宣布南方为“封闭区”，禁止南方人离境和北方人进入，并在南方推行基督教和英语，扩大与北方居民的差别。这种殖民政策为以后的南北纠纷埋下了祸根。